年夏天，当时只有23岁，刚刚在世界足坛初露锋芒的埃托奥，作为克鲁伊维特的替代者，以万欧元的身价加盟巴塞罗那。
或许当时巴塞罗那对他有所期待，但是他们怎么都没有想到，埃托奥会如此迅速地融入巴塞罗那，并且展现了一名世界顶级杀手的实力，令全世界领略了他“非洲猎豹”的嗜血本色。他们更加想象不到，埃托奥还会在这里成就一番丰功伟业。
首个赛季，埃托奥留在37场联赛中打进了24粒进球，创造了个人职业生涯单赛季联赛进球的新纪录，帮助巴塞罗那拿到了联赛冠军，而且他个人还凭借着出色的表现，与小罗一起入选了“世界足球先生”的前三名。
第二个赛季，埃托奥在巴塞罗那的表现更上一层楼，他打进了26粒联赛进球，加冕了西甲的最佳射手殊荣，同时也帮助巴塞罗那成功卫冕了联赛冠军。
此外，他在欧冠赛场上也有精彩的表现，凭借着11场6球的表现，他当选了那个赛季的欧冠最佳前锋。尤其是在与阿森纳的决战中，埃托奥更是发挥了至关重要的作用，他先是在上半场开赛不久就制造了阿森纳门将莱曼的红牌，帮助巴塞罗那取得了人数上的优势，然后又在球队比分落后的情况下打进了扳平比分的进球，最终帮助巴塞罗那2-1逆转了阿森纳，时隔14年之后，再度赢得了欧冠冠军。
此后的两个赛季，虽然埃托奥受到了伤病困扰，出场次数受到了影响，没有了前两个赛季那么多精彩表现，但是他一直保持着非常高的进球效率，这两个赛季他在联赛中都是为巴塞罗那出场18次，分别打进了11球和16球。
在巴塞罗那的第五个赛季，完全摆脱伤病的埃托奥再次掀起了一番腥风血雨，他在联赛中打进了创造个人职业生涯新高的30粒联赛进球，帮助巴塞罗那一次又一次地弑杀对手，并且最后成功登顶西甲联赛冠军的宝座。
不仅如此，他在欧冠赛场上同样表现出色，他在12场比赛中打进了6粒进球，帮助巴塞罗那一路过关斩将，最后在决赛中以2-0战胜曼联，成功加冕了欧冠冠军，而且这一次，埃托奥再次在决赛中打进了关键进球。
然而，令人意想不到的是，如此功勋卓著，而且又状态正佳的埃托奥，在他效力巴塞罗那的第五个赛季结束之后，被球队交易出去了，将他再加上万欧元从国际米兰换来了伊布，当时埃托奥折算的价格仅仅是万欧元。